Im 19. Jahrhundert war die Basler Mission in Südindien nicht nur eine mehrerer christlicher Kirchen, sondern auch ein wichtiger wirtschaftlicher Faktor. Um 1860 führte der Missionar Georg Plebst die Produktion von Falzziegeln ein, um den frisch Konvertierten ein Einkommen zu verschaffen. Noch heute ist die Basel Mission Company (BMC) vielen Indern ein Begriff. Um 2000 wurde ein Schiffswrack mit einer Ladung von Basler Missions Keramikprodukten vor Goa entdeckt. Dies demonstriert, welches Potential in der archäologischen Erforschung der Geschichte der Basler Mission in Indiens Südwesten steckt.

Die Jahrtausendwende war Anlass für Kaiser Heinrich II. (973 oder 978 bis 1024), seine Gemahlin Kunigunde (um 975 bis 1033 oder 1039) und Bischof Adalbero II. (vor 999 bis 1025) ein neues Münster zu bauen, aber das war nicht die einzige Grossbaustelle auf dem Münsterhügel. Auch die bereits von den Römern errichtete Wehrmauer wurde wohl zu diesem Zeitpunkt wiederinstandgesetzt, um sie in neuem Glanz erstrahlen zu lassen.

Als Folge des Durchmarschs und der Einquartierung von Truppen der siegreichen Gegner Napoleons – Österreich, Preussen und Russland – grassierte 1814 das Fleckfieber in Basel. Tausende wurden Opfer der von Kleiderläusen übertragenen bakteriellen Infektion. Bestattungen in den Kirchen werden verboten und Notfriedhöfe an der Stadtgrenze eröffnet. Die Archäologische Bodenforschung hat auf dem Gebiet des Kantons Basel-Stadt 1976 und zuletzt 2019 Massenbestattungen angetroffen, die sich mit der Fleckfieber-Epidemie von 1814 in Verbindung bringen lassen.